目前世界上生物安全柜領域執行的最重要的標準是歐洲標準EN12469和美國國家衛生基金會的第49號標準。按此標準可將生物安全柜分為Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ級。可適用于不同生物安全等級的媒質的操作。

按照美國1992年版NSF49標準，生物安全等級1級（P1）的媒質是指普通無害細菌、病毒等微生物；生物安全等級2級（P2）的媒質是指一般性可致病細菌、病毒等微生物；生物安全等級3級（P3）的媒質是指烈性/致命細菌、病毒等微生物，但感染后可治愈；生物安全等級4級（P4）的媒質是指烈性/致命細菌、病毒等微生物，感染后不可治愈。

Ⅰ級生物安全柜是指用于保護操作人員與環境安全、而不保護樣品安全的通風安全柜。適用于對處理樣品安全性無要求且生物危險度等級為1、2、3的媒質的操作。因為不考慮處理樣品是否會被進入柜內的空氣污染，故對進入柜內的空氣潔凈度要求不高；空氣的流動為單向、非循環式，空氣流經HEPA過濾器后進入柜內，通過工作臺面后又被過濾、經排氣口排出；為了保護操作人員安全和保護環境，其向內的非循環吸入氣流必須遠離操作者；安全柜中的氣體在外排到大氣以前必須先經過HEPA過濾器過濾。

Ⅱ級生物安全柜是指用于保護操作人員、處理樣品安全與環境安全的通風安全柜，柜內保持負壓狀態，適用于生物危險度等級為1、2、3的媒質的操作。

Ⅱ級生物安全柜為臨床生物防護中應用最普遍的一類生物安全柜。臨床中處理高濃度或大容量感染性材料時，以Ⅱ級生物安全柜應用最多。按照美國NSF49標準，一般將Ⅱ級生物安全柜劃分為A1、A2、B1、B2四個類型。

A1型：(1)維持穿過工作臺開口面的最小平均吸入口風速（計算或測量值）為0.38m/s(75ft/min)；(2)由靜壓箱送出的，經HEPA過濾器過濾的垂直氣流是垂直氣流和吸入氣流混合后的一部分（即柜內70%氣體通過HEPA過濾器再循環至工作區，30%的氣體通過排氣口HEPA過濾器過濾排除）；(3)允許經排出口HEPA過濾器過濾后的氣流返回實驗室；（4）允許有正壓的污染風道和靜壓箱。

A2型：(1)維持穿過工作臺開口面的最小平均吸入口風速為0.5m/s；(2)經HEPA過濾器過濾后的垂直氣流是由靜壓箱排出的垂直氣流和吸入氣流混合后的一部分（即柜內30%氣體通過排氣口HEPA過濾器排除，70%的氣體通過供氣口HEPA過濾器再循環至工作區）；(3)必須經HEPA過濾器過濾后，所有廢氣才能排到室外，但廢氣不可再進入安全柜循環或返回實驗室；(4)所有被生物污染的風道和靜壓箱應保持負壓或者被負壓的風道和靜壓箱包圍。

B1型：(1)維持穿過工作臺開口面的最小平均吸入口風速（計算或測量值）為0.5m/s（100ft/min）；(2)經HEPA過濾器過濾后的垂直氣流中的絕大部分是由未污染的循環吸入氣流組成（即柜內70%氣體通過排氣口HEPA過濾器排除，30%的氣體通過供氣口HEPA過濾器再循環至工作區）；(3) 經HEPA過濾器過濾后的大部分污染的垂直氣流，通過專用風道過濾后排入大氣；(4)所有被生物污染的風道和靜壓箱應保持負壓，或被負壓的風道和靜壓箱包圍。

B2型（也稱為“全排”型）：(1)維持穿過工作臺開口面的最小平均吸入口風速（計算或測量值）為0.5m/s（100ft/min）；(2)經HEPA過濾器過濾后的垂直氣流是由實驗室或室外空氣送入的（即：安全柜中排出的氣體不進入垂直氣流的循環過程）；(3)所有的吸入氣流和垂直氣流經HEPA過濾器過濾后排入大氣，不再進入安全柜循環或返回實驗室；(4)所有污染的風道和靜壓箱應保持負壓，或是被直接排風的風道和靜壓箱包圍。

Ⅲ級生物安全柜是完全密閉、不漏氣結構的通風安全柜，適用于生物危險度等級為1、2、3和4的媒質的操作。工作空間內為經HEPA過濾器凈化的無渦流的單向流空氣。進入氣流經數個HEPA過濾器過濾后送入安全柜，排出氣流應經雙層HEPA過濾器過濾或通過HEPA過濾器過濾和焚燒來處理。